Menemen Olayı (1930) sırasında İstiklal Mahkemeleri kurulmamıştır. Ancak, olayın ardından, dönemin hükümeti sert önlemler almış ve olayda yer alan şeriatçı isyan hareketine karşı hızlı bir şekilde cezai işlemler gerçekleştirilmiştir.
İstiklal Mahkemeleri, İstiklal Mahkemeleri Kanunu kapsamında 1920’lerde kurulan ve genellikle istiklal savaşı sonrası, özellikle halk arasında isyan hareketlerine karşı hızlı yargılama için oluşturulan mahkemelerdir. Menemen Olayı ise laiklik karşıtı hareketlerin doruk noktası olduğu için devlet bu olayı ciddi şekilde cezalandırmış, ancak İstiklal Mahkemeleri kullanmak yerine sivil yargı ve askeri disiplin mekanizmalarını devreye sokmuştur.
Menemen Olayı sonucunda başta Fehmi Kubilay olmak üzere isyancılara sert bir şekilde müdahale edilmiş, isyanın düzenleyicileri ve destekçileri yargılanmış ve cezalandırılmıştır. Ancak, İstiklal Mahkemelerinin kurulması söz konusu olmamıştır. Bu dönemde dini isyanlara karşı devleti güçlendiren yeni yasalar ve yargı düzenlemeleri getirilmiştir. Bu olayla birlikte Cumhuriyet yönetimi, laik devrimlere karşı dini isyanları engellemek için çeşitli kanuni düzenlemeler yapmaya devam etmiştir.